Durant quel mois de l'année voit-on le plus de vers de terre ?
Objectif du scénario

Répondre à la question : A quel mois voit-on le plus de vers de terre ?

Compétences développées :
  • Calcul d'abondance
  • Représentation graphique
  • Test statistiques
Déroulement de l'analye étape par étape
 
1. Poser la question de recherche

Dans ce scénario, nous vous donnons déjà la question de recherche. Vous pouvez, par exemple, noter : "Abondance et mois de l'année" comme nom d'analyse et "A quel mois voit-on le plus de vers de terre ?" dans la partie question de recherche.

2. Importer les données

Afin de répondre à cette question, nous allons avoir besoin des données de Vigie-Nature École relatives à l'observatoire Placette à vers de terre.

Choisir dans le menu importer des données :

  • Importer des données sur les vers de terre
  • Données issues de Vigie-Nature École (données protocolées)
  • Importer ces données

Paramètres à utiliser :

Choissez : Données espèces et données zones d'observation

Cliquez sur : Exécuter

3. Manipuler les données

Maintenant que vous avez toutes les données, il va falloir commencer par extraire le mois de l'année de la colonne date de l'observation. Pour cela, un outil pour manipuler les dates est diponible.

Dans la catégorie Extraire de l'information à partir de colonnes choisir l'outil : Convertir des dates

Paramètres à utiliser :

Données d'entrée* : Données_VNE_Vers_de_terre.csv
Convertir la colonne : date_observation
dont le format de données est : AnnéeMoisJour
en : Mois
et stocker l'information dans une nouvelle colonne nommée : Mois
Voulez-vous faire une autre opération ? non

Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis continuez à manipuler les données.

Nous allons maintenant supprimer toutes les données hors des périodes du protocole. En effet, le protocole placettes à vers de terre n'est réalisable qu'entre le mois de janvier et d'avril. Quelques classes participent hors de ces périodes, ces données ne sont pas exploitables car hors de la période du protocole certaines espèces meurent (cas des épigés) alors que les autres entrent dans une phase d’activité ralentie, appelée léthargie. Les vers de terre ne réagissent donc plus à l’épandage de moutarde. Il faut donc supprimer toutes les données hors de la période de janvier à avril.

Dans la catégorie Trier, filtrer et masquer des colonnes choisir l'outil : Sélectionner des lignes

Paramètres à utiliser :

Données d'entrée : Résumer des données on data 1
Choisir de : supprimer
les lignes dont les valeurs sont : supérieures ou égales (numérique)
au paramètre de filtre suivant : 5 (qui correspond au mois de mai et aux suivants)
dans : La colonne
indiquer la colonne dans laquelle faire la recherche : Mois

Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis sélectionnez continuer à manipuler les données.

Nous souhaitons calculer le nombre moyen de vers de terre pour chaque mois. Pour cela, nous allons commencer par compter le nombre de vers de terre pour chaque observation. Nous utiliserons l'outil "Résumer les données".

Dans le menu Manipuler des données, aller à la catégorie Regrouper des lignes cliquez sur en savoir plus puis l'outil : Résumer des données (vous pouvez aussi le trouver dans la barre de gauche dans la partie Manipuler les données)

Paramètres à utiliser :

Données d'entrée : Sélectionner des lignes on data 2
 Regrouper toutes les lignes selon des catégories contenues dans les colonnes suivantes : numero_observation | Mois
en faisant l'opération suivante : Somme
sur la colonne : nombre_individus
et stocker l'information dans une nouvelle colonne nommée : Abondance
Voulez-vous faire une autre opération : Non

Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis sélectionnez continuer à manipuler les données.

Maintenant, nous allons utiliser le même outil que précédement pour calculer le nombre moyen de vers de terre vus chaque mois.

Dans le menu Manipuler des données, aller à la catégorie Regrouper des lignes cliquez sur en savoir plus puis l'outil : Résumer des données (vous pouvez aussi le trouver dans la barre de gauche dans la partie Manipuler les données)

Paramètres à utiliser :

Données d'entrée : somme sur la colonne 11 en fonction de la colonne 1,28.csv
 Regrouper toutes les lignes selon des catégories contenues dans les colonnes suivantes : Mois
en faisant l'opération suivante : Moyenne
sur la colonne : Abondance
et stocker l'information dans une nouvelle colonne nommée : Abondance moyenne
Voulez-vous faire une autre opération : Non

Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis sélectionnez visualiser les données.

4. Visualiser les données

Normalement, en regardant votre tableau, vous pouvez déjà voir qu'il existe des différences d'abondance selon les mois. Toutefois, afin de mieux voir les différences, on peut réaliser un graphique. Ici, la colonne mois est qualitative (on ne peut pas faire d'opération avec ces valeurs) et la colonne Abondance moyenne est quantitative (on peut faire des opérations avec ses valeurs). Une représentation adaptée est donc le diagramme en barre avec la colonne mois sur l'axe des X et l'Abondance moyenne sur l'axe des Y.

Choisir l'outil : Représenter les données

Fichier d'entrée : moyenne sur la colonne 3 en fonction de la colonne 2.csv
Axe horizontal (X) : Mois
Axe vertical (Y) : Abondance moyenne
Type de représentation graphique : Diagramme en barre
Créer des graphiques différents selon les catégories de la variable : Laisser vide
Changer les couleurs du graphique selon les catégories de la variable : Mois
Titre du graphique : Nombre moyen de vers de terre du mois de janvier au mois d'avril
Titre de l'axe des X : Laisser vide
Titre de l'axe des Y : Laisser vide

Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis sélectionnez faire une analyse statistique.

La différence est plus visible encore qu'avec le tableau. Maintenant, il faut savoir si la différence que l'on observe n'est pas que due au hasard.

5. Test statistique

Nous allons donc faire un test statistique afin de voir si les différences observées selon les mois sont significatives. La variable "Mois" est qualitative et la colonne Abondance est quantitative. Il faut donc faire une comparaison de moyenne. Dans cet outil, attention à bien selectionner le jeu de données qui a servi à faire la moyenne (ici il s'agit de "somme sur la colonne 11 en fonction de la colonne 1,28.csv").

Choisir l'outil : Faire une comparaison de moyenne

Fichier de données brutes : somme sur la colonne 11 en fonction de la colonne 1,28.csv (attention !!!)
Vérifier si la variable explicative (X) : Mois
a un effet sur la variable à expliquer (Y) : Abondance

La variable Mois a un effet significatif sur la variable Abondance.

Sélectionnez Enregistrer puis faire une conclusion

6. Conclusion

Je conclus que le mois a bien un effet sur l'abondance. Les vers de terre semblent être moins nombreux en janvier.

7. Rapport

Vous pouvez maintenant télécharger votre rapport au format pdf.