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La fréquentation de nos mangeoires par les mésanges change-t-elle au cours de l’année ? |
Objectif du scénario
Répondre à la question : La fréquentation de nos mangeoires par les mésanges change-t-elle au cours de l’année ?
Compétences développées :
- Filtrer des données
- Extraire des éléments d'une date
- Calcul de fréquence de présence
- Représentation graphique
Déroulement de l'analye étape par étape
1. Poser la question de recherche
Dans cet exemple, nous vous donnons déjà la question de recherche. Ainsi, vous pouvez noter : "Période et fréquence" comme nom d'analyse et "La fréquentation de nos mangeoires par les mésanges change-t-elle au cours de l’année ?" dans la partie question de recherche. Vous pouvez déjà proposer des hypothèses sur les changements que vous vous attendez à voir. Par exemple : quelles sont les espèces les plus présentes en fonction du mois d'observation, etc...
2. Importer les données
Pour répondre à notre question de recherche, nous allons avoir besoin des données de Vigie-Nature École relatives à l'observatoire Oiseaux des jardins afin d'avoir des observations de toutes les espèces de mésanges (en effet il y en a 6 dans le protocole oiseaux des jardins) et des observations sur tous les mois de l'année.
↓ Comment faire concrètement ↓
Choisir dans le menu importer des données :
- Importer des données sur les oiseaux
- Données issues de Vigie-Nature École (données protocolées)
- Importer ces données
Paramètres à utiliser :
Choissez : Données espèces et données zones d'observation
Cliquez sur : Exécuter
3. Manipuler les données
Maintenant que vous avez toutes les données, il va falloir sélectionner celles qui nous intéressent. Nous allons commencer par "sélectionner les lignes" qui contiennent "Mésange" afin de garder toutes les espèces de mésanges. Faites bien attention à ne pas mettre de "s" à mésange car l'outil "Sélectionner des lignes" compare de façon exacte les lignes (dans la base de données les noms d'espèces sont au singulier).
↓ Comment faire concrètement ↓
Dans le menu Manipuler des données, aller à la catégorie Trier, filtrer et masquer des colonnes cliquez sur en savoir plus puis l'outil : Trier les données (vous pouvez aussi le trouver dans la barre de gauche dans la partie Manipuler les données)
Paramètres à utiliser :
Données d'entrée* : Données_VNE_Oiseaux_des_jardins.csv
Choisir de : garder
les lignes dont les valeurs sont : égales (caractères)
au paramètre de filtre suivant : Mésange
dans : la colonne
indiquer la colonne dans laquelle faire la recherche : espèce
Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis continuez à manipuler les données.
Maintenant que les données sont sélectionnées, elles ne contiennent que des informations relatives aux mésanges. Comme nous souhaitons étudier les variations temporelles, nous allons choisir le pas de temps qui nous intéresse. Le mois est intéressant car il permet d'avoir beaucoup de données tout en étant assez précis pour voir des différences dans les observations chez les mésanges.
↓ Comment faire concrètement ↓
Dans la catégorie Extraire de l'information à partir de colonnes choisir l'outil : Convertir des dates
Paramètres à utiliser :
Données d'entrée* : Sélectionner des lignes on data 1
Convertir la colonne : date_observation
dont le format de données est : AnnéeMoisJour
en : Mois
dans une nouvelle colonne nommée : Mois de l'observation
Voulez-vous faire une autre opération ? non
Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis continuez à manipuler les données.
La nouvelle colonne crée contient le mois de l'observation. Nous allons maintenant regrouper les données selon les valeurs de cette colonne. Il faut pour cela, compter le nombre de fois où l'on a vu un individidu d'une espèce de mésange.
↓ Comment faire concrètement ↓
Dans le menu Manipuler des données, aller à la catégorie Regrouper des lignes cliquez sur en savoir plus puis l'outil : Résumer des données (vous pouvez aussi le trouver dans la barre de gauche dans la partie Manipuler les données)
Paramètres à utiliser :
Données d'entrée : Convertir des dates on data 3
Regrouper toutes les lignes selon des catégories contenues dans les colonnes suivantes : Mois de l'observation | espèce
en faisant l'opération suivante : Compter les valeurs supérieures à zéro
sur la colonne : nombre_individus
et stocker l'information dans une nouvelle colonne nommée : Nombre d'observations de l'espèce
Voulez-vous faire une autre opération ? Oui
et ajouter l'opération suivante : Compte
et stocker l'information dans une nouvelle colonne nommée : Nombre total d'observations
Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis sélectionnez Visualiser les données.
4. Visualiser les données
Nous connaissons maintenant le nombre de fois où chaque espèce a été vue. Avant de regarder les observations par espèces, nous vous proposons de regarder la répartition des observations dans l'année. A votre avis quel sera le résultat ? Quelle est la partie de l'année où il y a le plus d'observations ?
↓ Comment faire concrètement ↓
Choisir l'outil : Représenter les données
Fichier d'entrée : ompteSuperieurAZero sur la colonne 10 en fonction de la colonne 8,18.csv
Axe horizontal (X) : Mois d'observation
Axe vertical (Y) : Nombre total d'observations
Type de représentation graphique : Lignes et points
Créer des graphiques différents selon les catégories de la variable : Laisser vide
Changer les couleurs du graphique selon les catégories de la variable : Laisser vide
Ajouter des barres d'erreur à partir d'une colonne : (optionnel) : Laisser vide
Titre du graphique : Nombre de sessions d'observation en fonction de la période
Titre de l'axe des X : Laisser vide
Titre de l'axe des Y : Laisser vide
Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis sélectionnez faire une analyse statistique.
Le protocole est d'avantage réalisé en hiver et les observations sont très rares en été (notamment à cause des vacances). Il y a plus d'observations à certaines périodes de l'année, il est donc possible qu'on observe plus de mésangse en hiver car on a plus observé durant cette saison et non parcequ'il y a plus de mésanges.
On remarque également qu'il n'y a qu'une seule ligne sur le graphique. En effet le nombre de sessions d'observations est le même pour toutes les espèces. Il est cependant possible de savoir à quelle fréquence chaque espèce a été observée. Pour cela nous allons, à nouveau, manipuler les données.
5. Manipuler les données
Pour obtenir un résultat qui ne soit pas biaisé par les différences de nombre de sessions d'observations, nous allons calculer des fréquences en divisant le nombre d'observations de l'espèce par le nombre total d'observations. Pour réaliser ce calcul, vous pouvez utiliser l'outil opération sur des lignes puis entrer votre formule. Afin que la fréquence soit plus simple à interepréter, vous pouvez la multiplier par 100 pour qu'elle soit exprimée en pourcentage.
↓ Comment faire concrètement ↓
Choisir l'outil : Opérations sur des lignes
Fichier d'entrée : compteSuperieurAZero sur la colonne 10 en fonction de la colonne 8,18.csv
Voulez-vous ? : écrire votre propre formule
Appliquer la formule suivante : c3 / c4 * 100
et stocker le résultat dans une nouvelle colonne nommée : Fréquence d'observation mensuelle
Enregistrez vos commentaires si vous en avez puis sélectionnez visualiser les données.
6. Visualiser les données
Afin de voir la répartition des données, il faut maintenant faire une représentation de la fréquence d'observations au cours de l'année.
↓ Comment faire concrètement ↓
Choisir l'outil : Représenter les données
Fichier d'entrée : Opération sur des lignes on data 4
Axe horizontal (X) : Mois d'observation
Axe vertical (Y) : Fréquence d'observation mensuelle
Type de représentation graphique : Lignes et points
Créer des graphiques différents selon les catégories de la variable : Laisser vide
Changer les couleurs du graphique selon les catégories de la variable : Espèces
Ajouter des barres d'erreur à partir d'une colonne : (optionnel) : Laisser vide
Titre du graphique : Fréquence d'observation des mésanges en fonction de la période
Titre de l'axe des X : Laisser vide
Titre de l'axe des Y : Laisser vide
Quelles sont vos premières remarques ? Les espèces ont-elles les mêmes changements de fréquence au cours de l'année ?
On remarque que les mésanges charbonnières et bleues sont particulièrement présentes en hiver. Cette présence peut-être expliquée par leur présence sur les mangeoires. Le reste de l'année, les espèces de mésanges se comportent plutôt de la même manière. On remarque un pic de fréquentation de mésanges à longue queue en été. Toutefois, il faut se souvenir du premier graphique. Il y a très peu de données pendant les vacances. Vous pouvez aller voir dans les tableaux le nombre d'observation au mois de Juillet. Il est de 23 contre 463 en janvier. Les données sont donc moins fiables à cette période et le pic est sans doute lié au manque de données.
7. Conclusion
On peut donc conclure que les mésanges charbonnières et bleues sont les plus fréquentes en hiver. Sans doute car elles visitent les mangeoires et que les autres espèces sont moins visibles toute l'année.
8. Rapport
Vous pouvez maintenant télécharger votre rapport au format pdf
Pour aller plus loin
Ce scénario peut-être adapté pour se poser d'autres questions.
- Il est aussi possible de se poser la même question pour une ou plusieurs autres espèces.
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Vous pouvez également regarder si la diversité des oiseaux présents change au cour de l’année en commençant par compter le nombre de cellules non nulles pour chaque observation, puis en faisant une moyenne par mois de cette diversité.
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Une autre possibilité est de calculer l'abondance totale (le nombre d’oiseaux) au cours du temps, en commençant par faire la somme du nombre d'individus pour l'abondance, puis en faisant une moyenne par mois de cette diversité.